De schippers van de slavenschepen van de Compagnie ontvingen instructies hoe zij hun levende lading dienden te behandelen. Nauwkeurige bepalingen waren opgesteld over onder meer het te verstrekken voedsel, de medische zorg, hygiëne aan boord en het gelegenheid geven aan de slaven tot regelmatige lichaamsbeweging.
Er dienden zelfs trommels te worden meegenomen om de slaven tot dansen te kunnen aanzetten.
Het verblijf van de slaven aan boord duurde maanden, soms wel langer dan een half jaar. De omstandigheden waren benauwd, de sanitaire voorzieningen primitief en velen werden ziek. Gemiddeld stierf 16 tot 17% van de slaven tijdens de reis. De voornaamste doodsoorzaken waren dysenterie, pokken. tuberculose en scheurbuik.
Naar mate er gedurende het verblijf aan de Afrikaanse kust meer en meer slaven aan boord werden gebracht moeten de omstandigheden steeds benauwder zijn geworden. De slaven lagen in rijen naast elkaar en boven elkaar op van planken getimmerde "beddings". De ruimte was zo beperkt dat zitten nauwelijks mogelijk was. De atmosfeer kon op sommige schepen door gebrek aan ventilatiemogelijkheden soms letterlijk verstikkend zijn.
